根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》(国家税务总局令第25号)的规定：“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。”因此，纳税人丢失发票，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令第25号公布，国家税务总局令第37号修改）第三十一条“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废”的规定，发生发票被盗、丢失情形时，使用发票的单位和个人应当于发现被盗、丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
